Przypadek 8-2007: Mężczyzna z bólem w klatce piersiowej, po którym następuje zatrzymanie akcji serca

Omawiając przypadek dotyczący pacjenta z zapaleniem mięśnia sercowego Helicobacter cinaedi, przedstawionym przez Lewisa i in. (Wydanie z 15 marca), Dr Butterton zauważa, że sekwencjonowanie rybosomalnego DNA 16S stosowane do identyfikacji tego organizmu nie jest dostępne na rynku. Na szczęście tak nie jest: identyfikacja patogenów bakteryjnych i grzybiczych w oparciu o sekwencje DNA jest integralną częścią naszego laboratorium klinicznego i rutynowo przeprowadzamy testy na próbkach referencyjnych. Na przykład niedawno zidentyfikowaliśmy H. cinaedi w hodowli krwi i Bartonella henselae, Ureaplasma urealyticum, Tropheryma whipplei i Coxiella burnetii w próbkach biopsji zastawki aortalnej od pacjentów z wielokrotnie negatywnymi kulturami. Przydatność sekwencjonowania DNA do identyfikacji medycznie ważnych bakterii, 2 drożdży, 3 i pleśni4, jest coraz bardziej doceniana w przypadku kilku rodzajów organizmów: tych, które nie mają dobrze znanych fenotypowych identyfikatorów (jak pokazano w rekordzie przypadku) lub wykazują zmienność fenotypową, która jest sprzeczna z konwencjonalnymi metodami identyfikacja; te, które są wolno rosnące lub wybredne lub które nie mogą być hodowane; oraz te obecne w próbkach tkanek utrwalonych lub zatopionych w parafinie lub w materiale archiwalnym lub próbkach tkanek, dla których resampling jest niepożądany lub przeciwwskazany (np. próbki z biopsji mózgu). Wreszcie, metody molekularne okazały się opłacalne dla rutynowej identyfikacji nieuchwytnych patogenów poprzez znaczne obniżenie całkowitego kosztu operacji laboratoryjnych, czasu przetwarzania i poziomów błędów.
Dr n. Med. Noah G. Hoffman
Brad T. Cookson, MD, Ph.D.
University of Washington, Seattle, WA 98195
washington.edu
4 Referencje1. Case Records of Massachusetts General Hospital (Case 8-2007). N Engl J Med 2007; 356: 1153-1162
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
2. Clarridge JE III. Wpływ analizy sekwencji genu 16S rRNA na identyfikację bakterii w mikrobiologii klinicznej i chorobach zakaźnych. Clin Microbiol Rev 2004; 17: 840-862
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
3. Chen YC, Eisner JD, Kattar MM, i in. Polimorficzne sekwencje DNA regionu pierwszego transkrybowanego regionu rozdzielającego identyfikują medycznie ważne drożdże. J Clin Microbiol 2001; 39: 4042-4051
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
4. Rakeman JL, Bui U, Lafe K, Chen YC, Honeycutt RJ, Cookson BT. Porównywanie sekwencji Multilocus DNA szybko identyfikuje patogenne pleśnie. J Clin Microbiol 2005; 43: 3324-3333
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
Odpowiedź
Odpowiedzi na dyskusję: Pacjent opisany w rekordzie sprawy został przyjęty do szpitala na początku 2003 roku, niedługo po tym, jak laboratorium Hoffmana i Cooksona zaczęło przyjmować próbki do identyfikacji opartej na sekwencjach. Rzeczywiście, Laboratorium Bakteriologiczne w Szpitalu Ogólnym w Massachusetts nie było wówczas świadome możliwości ich laboratorium. Ponieważ nasze laboratorium stanowe nie oferowało sekwencjonowania rybosomalnego RNA 16S, wykorzystaliśmy naszą relację z laboratorium badawczym do przeprowadzenia analizy. W ciągu ostatnich kilku lat identyfikacja sekwencyjna stała się szerzej dostępna i opłacalna, co czyni ją bardziej realistyczną opcją dla klinicznych laboratoriów.
Z pewnością zgadzamy się, że niniejsza sprawa stanowi przekonujący dowód na to, w jaki sposób ta technologia może przynieść korzyści opiece zdrowotnej, jeśli w grę wchodzą nietypowe organizmy chorobotwórcze Takie organizmy mogą powodować większe spektrum chorób niż obecnie rozpoznawane, głównie dlatego, że niewiele laboratoriów dokonało dokładnej identyfikacji. Metody molekularne mogą prowadzić do lepszego zrozumienia naturalnej historii takich patogenów, co może pomóc w ulepszeniu terapii w przyszłości.
Joan R. Butterton, MD
Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114
org
[podobne: rejestracja dawców szpiku, pościel elway allegro, buldog francuski olx ]